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Dans le cadre du projet de science participative SOLenVille, Apolline Auclerc, Maître de Conférences à l'Université de Lorraine - ENSAIA vous propose plusieurs glossaires pour accompagner votre découverte de la vie des sols :
Première(s) étape(s) du développement d’un organisme dont la forme est différente de l’adulte. La métamorphose est l’étape qui permet d’atteindre la forme adulte.
La classification du vivant permet de classer les organismes selon des critères qui donnent des informations sur leur diversité, leur évolution et leur origine. Il s’agit de chercher des liens de parenté entre les organismes. Le critère retenu est de rassembler les organismes dans un même groupe sur la base de ce qu'ils ont en commun au niveau de leur corps, et/ou lors de leur développement (ex : présence d’ébauche d’ailes). L’étude de la génétique (ADN) permet d’avoir une approche plus précise des ressemblances entre organismes.
Elément de base dans la classification du vivant. Les individus qui appartiennent à une même espèce ont des similitudes de forme, d’apparence extérieure et de développement. Les noms d’espèces sont binomiaux, c’est-à-dire constitués de deux mots d’origine latine (ex : Lumbricus terrestris qui s’écrit conventionnellement en italique). Il y a également des noms communs donnés à certaines espèces (ex : lombric).
Deuxième niveau après espèce dans la classification du vivant (ex : Lumbricus est un nom de genre et renferme des espèces voisines comme Lumbricus terrestris et Lumbricus castaneus) qui sont reliées entre elles par des similitudes.
Ensemble des individus d’une même espèce vivant dans un même milieu.
Ensemble des populations d’individus vivant dans un même milieu.
Niveau de classification du vivant ; regroupe des individus ayant des similitudes. « Espèce » ou « Genre » sont des exemples de groupes taxonomiques. On trouvera au-dessus les groupes taxonomiques « Famille » « Ordre » « Classe » « Embranchement », puis « Règne » tout au dessus.
Eléments qui permettent de décrire visuellement le corps d’un organisme (forme, taille, couleur, nombre de pattes, type de tête, etc…). Etudier ces caractéristiques peut permettre de classer les organismes d’après leurs similitudes ou différences d’apparence extérieure. En fonction de la taille de l’organisme, il est possible d’utiliser des appareils pour agrandir l’image et mieux voir certains éléments (loupe à main, loupe binoculaire, microscope…)
Outil papier ou numérique qui aide à classer un organisme observé dans le bon groupe taxonomique. Il s’agit d’observer les caractéristiques du corps de l’organisme une à une et de suivre la clef petit à petit pour placer l’organisme dans le bon groupe et nommer/identifier ce groupe. Les clefs ressemblent souvent à des arborescences pour lesquelles il suffit de suivre un chemin en fonction des caractéristiques observées.
Il s’agit d’un groupe rassemblant les animaux vertébrés. Leur taille est supérieure au centimètre, ils sont donc visibles à l’œil nu. Ces organismes sont des habitants du sol car ils utilisent le sol comme abri ou habitat et le modifient par leurs terriers et leurs galeries. Ce sont donc des gros organismes mais qui ne sont pas très nombreux dans le sol par rapport aux autres groupes plus petits : renards, serpents, lapins, taupes, marmottes, campagnols, crapauds, castors, blaireaux, loutres…
Il s’agit d’un groupe rassemblant des animaux invertébrés visibles à l’œil nu avec une taille comprise entre 4 mm à 80 mm de longueur et un diamètre de 2 à 20 mm. Les organismes de ce groupe jouent un grand rôle dans la dégradation de la matière organique et la structuration des sols par leurs étroites relations avec les micro-organismes et autres organismes du sol. Les prédateurs ont également un rôle dans la régulation des communautés. Comme exemple de macrofaune, on cite souvent les vers de terre, les mille-pattes, les cloportes, les araignées, et les nombreux ordres d’insectes qui passent une phase de leur vie dans le sol. Ils peuvent être larves ou adultes chez les hétérométaboles (Orthoptères, Dictyoptères, Dermaptères, Psocoptères, Hétéroptères, Homoptères, Thysanoptères) ou larves, nymphes et adultes chez les holométaboles (Rhapidioptères, Coleoptères et Hyménoptères) soit uniquement à l’état larvaire et (ou) nymphal comme quelques Mécoptères, Lépidoptères, Trichoptères, Homoptères et un grand nombre de Diptères.
Il s'agit des invertébrés de taille comprise entre 0.2 mm et 4 mm de longueur en moyenne et un diamètre de 0.1 à 2 mm, plus difficilement reconnaissables à l’œil nu, il faut donc nécessairement une loupe pour pouvoir les observer. On cite souvent les acariens, les nématodes ou les collemboles. Ils ont deux grands rôles : détritivores par leurs rôles dans la dégradation des matières organiques, ou prédateurs en permettant par exemple de limiter la prolifération de certains champignons ou bactéries pathogènes.
Ce groupe rassemble les organismes animaux microscopiques d’une taille inférieure à 0,02 mm comme les protozoaires qui sont unicellulaires (amibes, flagellés, ciliés (paramécies)), ou les rotifères. Ces organismes ont besoin d’eau dans le sol et filtrent les fines particules de matières organiques afin de les transformer.
Organismes (autres qu’animaux) visibles au microscope ; ils sont nombreux car petits. Il s’agit des bactéries, des champignons et des micro-algues. Leur étude nécessite des méthodes moléculaires. Ils ont un rôle important dans la transformation chimique des matières, et donc permettent le recyclage de ces dernières en nutriments nécessaires à la vie de beaucoup d’organismes.
C’est la partie charnue du chapeau d’un champignon qui produit les spores nécessaires à la reproduction du champignon.
Il s’agit d’exprimer le nombre d’organismes présents à un moment donné sur une surface de sol donnée (ex : le mètre carré, m²). Pour avoir une valeur rigoureuse de l’abondance des organismes pour un groupe donné, c’est-à-dire représentative du milieu, il est nécessaire que la méthode utilisée soit exhaustive et donc non sélective. Par exemple, lorsque l’on fait une chasse à vue des organismes d’un groupe donné, il est difficile de réussir à observer et compter tous les organismes réellement présents dans une aire définie pour ce groupe ; afin d’assurer une bonne estimation de l’abondance, il est plus facile d’utiliser des techniques de piégeage car ces techniques font moins appel à notre capacité de voir les organismes pour les attraper ; il y a donc moins d’effet de l’utilisateur et d’erreur de comptage en utilisant un piège, et on peut estimer l’abondance des organismes ainsi piégés ou la densité par m² en triant avec précaution un bloc de sol de surface connue.
Cela correspond à évaluer les différents groupes d’organismes, et répondre à la question : y’a-t-il plusieurs groupes d’organismes ou sont-ils tous les mêmes dans un milieu donné (plusieurs espèces, plusieurs genres…) ? On peut évaluer la diversité taxonomique (diversité des groupes) ou fonctionnelle (diversité des fonctions jouées par les organismes) d’un milieu. Des hypothèses en écologie expliquent que plus il y a de diversité dans un écosystème, et mieux l’écosystème pourrait s’adapter à des perturbations sur le long terme, car certaines espèces pourraient remplacer d’autres qui disparaitraient suite à une perturbation (ex : feu de forêt, pollution…).
Cet indicateur correspond au fait d’évaluer si un organisme est présent ou non à un endroit donné et à un moment donné. Il s’agit ici de seulement dire si on l’a vu ou non sans avoir à compter le nombre d’organismes appartenant au même groupe que l’organisme suivi.
Chaque organisme a une fonction dans l’écosystème, car en se nourrissant, en se déplacement il a une action sur son milieu et/ou sur les autres organismes. Pour la biodiversité des sols, on note 3 grandes fonctions selon l’organisme considéré : (i) décomposition de la matière organique (recyclage, fertilité des sols) (ex : transformation des feuilles d’arbre en nutriments pour les plantes par fragmentation ou minéralisation), (ii) la structuration du sol (ex : les galeries de vers de terre aèrent le sol et permettent une meilleure infiltration de l’eau dans le sol) et (iii) la régulation des populations (prédation, activation des micro-organismes) (ex : les araignées et carabes ont une capacité importante de régulation de proies dans les champs et les jardins ; les vers de terre sont capables d’activer des bactéries en les ingérant dans leur intestin).
Ce sont les relations alimentaires entre les organismes ; ils se mangent les uns les autres. Le réseau est constitué de chaines alimentaires avec de nombreuses interactions entre les organismes. Une particularité du réseau alimentaire dans le sol est qu’il est basé sur la matière organique morte, on trouve ainsi les détritivores (vers de terre, cloportes…) et décomposeurs (micro-organismes : bactéries et champignons) qui se nourrissent de cette matière; puis des prédateurs se nourrissent de ces détritivores pour les réguler. Ce sont des niveaux trophiques (prédateur en haut du réseau, proies plus en bas avec comme base les détritus : les feuilles et bois morts, débris végétaux et animaux).
Transformation des éléments issus des organismes vivants qui tombent au sol-matière organique morte (ex : feuilles au sol, branchages, déjections, cadavres) en éléments chimiques (minéraux, nutriments) par les organismes détritivores (vers de terre, cloportes…) et décomposeurs (micro-organismes : bactéries et champignons) via des dégradations physiques puis des simplifications chimiques (décomposition, minéralisation, fermentation). Les conditions météorologiques (température, pluviométrie) agissent également sur la vitesse du recyclage en dégradant les matières ou en activant ou ralentissant l’activité des organismes qui transforment la matière. Les éléments chimiques obtenus par transformation de la matière pourront être réutilisés par les organismes pour leur développement. Cette transformation peut être plus ou moins rapide en fonction de la constitution chimique de la matière, et des organismes présents pour la réduire. Les éléments les plus difficiles à digérer deviennent de l’humus qui pourra s’accumuler et se dégrader très lentement au cours du temps.
Organisme qui se nourrit d’éléments de plantes vivantes (feuilles vertes sur la plante, sève de tige etc…)
Organisme qui se nourrit de matière organique morte (résidus de récoltes, feuilles d’arbre tombées au sol en automne, bois morts, fumiers, compost, épluchures, déjections animales, cadavres) et qui aide dans la transformation de cette matière en nutriments chimiques directement utilisable par la plante pour sa croissance.
Organisme qui a un rôle de régulation des organismes vivants en s’en nourrissant ; le prédateur permet d’éviter que certains organismes déséquilibrent l’écosystème en étant trop nombreux. Il existe des prédateurs généralistes qui se nourrissent d’une diversité de proies, et d’autres qui sont spécialistes car ils se nourrissent d’un seul type de proies.
Les vers ne vivent pas tous au mêmes endroits dans le sol et ont des rôles différents sur la décomposition de la matière organique et l’aération du sol. En fonction de cela ils sont classés en 3 catégories :
- les épigés vivent à la surface dans la litière et les 5 premiers centimètres du sol ; ils ont une couleur foncée tout au long du corps pour se camoufler et se protéger des rayons du soleil ; ils sont généralement de petite taille (quelques centimètres). Ils se nourrissent de la matière organique morte et participent à la décomposition de la litière ; ils ont une musculature très peu développée, ils sont donc peu capables de construire des galeries dans le sol.
- les endogés qui sont plutôt clairs tout au long du corps vivent dans la terre dans des galeries horizontales superficielles. Ils se nourrissent de terre (= géophages) mélangée à de la matière organique morte (iii) les anéciques (les plus gros) avec un gradient de couleur le long du corps (tête plus foncée que le reste du corps ; ils vivent dans des grandes galeries horizontales. Ils prélèvent leur nourriture (matière organique morte et terre) en surface et la descendent en profondeur. Ils sont responsables de la formation des turricules en surface (nom donné à leurs déjections arrondies visibles à l’œil nu).
Nom donné aux déjections faites par les vers de terre, principalement les vers anéciques qui font leurs déjections à la surface du sol
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