L’université de Strasbourg est officiellement fondée en 1621 sur ordre de l’empereur Ferdinand II. Elle est l’héritière du Gymnasium, école protestante créée en 1539 et dirigée par l’humaniste Johann Sturm.

Le rattachement de Strasbourg à la France en 1681 ne bouleverse pas le fonctionnement de l’institution jusqu’en 1793, date à laquelle elle ferme ses portes dans le contexte de la Révolution. Ré-ouverte 25 ans plus tard, elle occupe différents sites répartis dans la ville, comme celui de l'Académie, un ancien hospice d'enfants trouvés qui abrite les facultés de médecine et de sciences. L'université est transférée à Nancy quand Strasbourg devient allemande après la guerre de 1870.

C’est dans ce contexte que Bismark confie au baron Franz Roggenbach la mission d’établir une nouvelle université, officiellement née le 1^er mai 1872. Après la fondation de l’université de Berlin et de Bonn au début du 19^e siècle, celle de Strasbourg se veut une université modèle au service de la glorification de l’Allemagne. Elle bénéficie pour l’occasion de moyens importants avec l’ambition de faire de l’institution alsacienne la plus grande et la plus riche du nouvel Empire.