On ne sait pas grand-chose sur l'enfance d'Otto Toepfer, seulement qu'il est né en 1845 près de Berlin. Là où nous avons plus d'informations est au départ de ces études où l'on sait qu'il fait son apprentissage chez le mécanicien P. Barrand à Berlin. A côté il suit également des cours de dessin, de mathématiques, de physique et de technologie.