A la fin du 19^e siècle, l’enseignement de la botanique au sein de l’université impériale se développe autour de plusieurs spécialités. On distingue la botanique générale, qui étudie la morphologie, le développement et la physiologie des espèces ; la systématique, qui concerne le dénombrement et la classification ; la phytogéographie qui porte sur la répartition des végétaux à la surface du globe.

L’institut de botanique, situé à l’extrémité du jardin universitaire, est achevé en 1882. Le rez-de-chaussée abrite le logement du directeur, un grand amphithéâtre et les collections d’enseignement ; on y trouve également une serre expérimentale qui se signale par sa forme demi circulaire adossée à la façade sud. Les laboratoires d’enseignement et de recherche sont situés à l’étage, éclairé de grandes fenêtres, que régule un système d’occultation et de ventilation adapté à la culture des plantations. Les baies des façades sud et est sont équipées de larges rebords pour l’installation de jardinières.

L’institut dispose de collections scientifiques liées aux enseignements constituées en grande partie durant la période allemande. Elles regroupent une xylothèque composée d’échantillons de bois ; une carpothèque conservant des échantillons de fruits ; une collection de paléobotanique réunissant des fossiles végétaux ; un herbier composé de fleurs séchées, constitué à partir de 1884, et qui compte aujourd’hui environ 450 000 spécimens.