Quand la nouvelle université de Strasbourg est fondée en 1872, les bâtiments se répartissent sur 5 sites à l’intérieur de la ville ancienne. Très vite, est évoquée la construction d’un nouvel ensemble. Le projet consiste à établir un programme unitaire rassemblant toutes les disciplines sur une surface estimée à plus de 12 hectares. La superficie est telle que son implantation à l’extérieur de la ville s’impose. L’emplacement est d’abord envisagé à proximité de la faculté de médecine à côté de l’hôpital, dans une logique de regroupement. Mais le coût des terrains et la présence des fortifications que le ministère de la guerre veut préserver condamnent cette solution.

C’est alors qu’est examinée son installation au nord-est de la ville. Mais cette fois-ci la proposition se heurte à l’impossibilité de déménager la faculté de médecine pour des questions financières. On se résout donc à scinder l’institution malgré le mécontentement du corps enseignant. 

L’implantation de l’université impériale dans le secteur dit de la porte des pêcheurs coïncide avec l’ambitieux projet d’extension de Strasbourg, la future Neustadt, dont elle constitue d’ailleurs le premier grand chantier urbain structurant.

Le site d’une quinzaine d’hectares, vierge de toute construction, correspond à l’ancien glacis des fortifications. Le plan d’aménagement, confié en 1875 à l’architecte Hermann Eggert, est approuvé 2 ans plus tard ; il subira quelques ajustements au fur et à mesure de l’avancement du projet. Ce plan propose l’implantation des différents instituts sur un axe longitudinal au sein d’un jardin d’agrément. Depuis l’imposant palais universitaire jusqu’aux allées sinueuses du jardin botanique, le site perd progressivement de son caractère minéral et monumental et de sa rigueur géométrique au profit du végétal et de la courbe.